Η κατάκτηση της Κρήτης από τους Σαρακηνούς το 828 σημάδεψε μία σκοτεινή περίοδο για τη μεγάλη νήσο. Οι αραβικοί πειρατές επέβαλαν ένα απάνθρωπο καθεστώς καταπίεσης, με εξισλαμισμό του πληθυσμού και καταστροφή χριστιανικών ναών. Η κατάκτηση αυτή δεν αποτέλεσε μόνο μια απώλεια για τους Βυζαντινούς, αλλά και μια συνεχή απειλή για τα νησιά και τις παράλιες περιοχές της αυτοκρατορίας από τις ληστρικές επιδρομές των Σαρακηνών
Η απειλή των Σαρακηνών εντείνεται όταν η Σικελία καταλαμβάνεται από τους Αγλαβίδες εμίρηδες της Βόρειας Αφρικής. Το Βυζάντιο αποφασίζει να δράσει άμεσα και αντιμετωπίζει την αραβική απειλή με στρατηγική «σταυροφορίας». Ο στρατός του Βυζαντίου αναδιοργανώνεται και η ανάκαμψη της βυζαντινής κυριαρχίας στην Μεσόγειο γίνεται προτεραιότητα
Οι πρώτες απόπειρες για την επανάκτηση της Κρήτης από τους Σαρακηνούς αποτυγχάνουν. Οι Βυζαντινοί στρατηγοί Φωτεινός, Δαμιανός, Κρατερός και Νικήτας Ωορύφα δεν καταφέρνουν να ανακαταλάβουν το νησί. Ωστόσο, οι προσπάθειες γίνονται πιο έντονες κατά τις αρχές του εικοστού αιώνα
Το 911, μεγάλη εκστρατεία οργανώνεται με επικεφαλής τον λογοθέτη του δρόμου Ιμέριο, αλλά και αυτή αποτυγχάνει. Το 956, μία ακόμα εκστρατεία υπό τον Κωνσταντίνο Γογγύλο αποδεικνύεται άνευ επιτυχίας. Η ανάκτηση της Κρήτης επιτυγχάνεται, τελικά, από τον στρατηγό και αυτοκράτορα Νικηφόρο Φωκά. Ο Φωκάς είχε πολεμήσει επί μακρόν τους Άραβες και αποφασίζει να αναλάβει προσωπικά την εκστρατεία για την ανακάτηση της Κρήτης
Η προετοιμασία της εκστρατείας είναι εντυπωσιακή. Ένας στόλος από 3.300 πλοία διατίθεται για τη μεταφορά των οπλιτών και του πολεμικού υλικού. Τα μισά από αυτά τα πλοία είναι εφοδιασμένα με καταπέλτες για την εκτόξευση του υγρού πυρός, του στρατηγικού όπλου των Βυζαντινών εκείνη την εποχή
Ο στρατός του Φωκά φθάνει στον Χάνδακα την 13η Ιουλίου 960 και αποβιβάζει τους στρατιώτες στην ακτή του Αλμυρού. Ο Φωκάς εκκαθαρίζει τη γύρω περιοχή από τους Σαρακηνούς, ενώ ο στόλος του υπό τον δρουγγάριο Μιχαήλ αποκλείει τον Χάνδακα από θαλάσσης. Μία απόπειρα των Σαρακηνών να διασπάσουν τον αποκλεισμό αποτυγχάνει παταγωδώς και οι Βυζαντινοί ανταποδίδουν με τη σφοδρότητα των Σαρακηνών
Στις 7 Μαρτίου 961, ο Φωκάς καταλαμβάνει τον Χάνδακα και βάζει ένα τέλος στην Αραβοκρατία στο νησί. Οι Βυζαντινοί εκδικούνται με σφαγές και λεηλασίες, ενώ ο Χάνδακας κατεδαφίζεται και στη θέση του χτίζεται μία νέα πόλη, ονομαζόμενη Τέμενος. Ο τελευταίος εμίρης της Κρήτης, Αβδούλ Αζίζ Κουρτουμπί και ο γιος του, Νουμάν, συλλαμβάνονται και οδηγούνται θριαμβευτικά στην Κωνσταντινούπολη
Οι Βυζαντινοί αφιερώνουν τους επόμενους μήνες στον εποικισμό και τον εκχριστιανισμό της Κρήτης, αλλά και στην επαναφορά των εξισλαμισθέντων στη χριστιανική πίστη. Γνωστοί ασκητές όπως ο Αθανάσιος ο Αθωνίτης και ο Νίκων ο Μετανοείτε εργάζονται για αυτόν τον σκοπό. Η Κρήτη ορθοδοξοποιείται και στο Γιουχτάκη, όπου στεγάζεται το Στρατολογικό, ανοίγει εκκλησία και αφαίρεση των μουσουλμανικών σήματων. Μέρος των θησαυρών που είχαν σωρεύσει οι Σαρακηνοί στον Χάνδακα δόθηκε στον Αθανάσιο τον Αθωνίτη για την ίδρυση της μονής της Μεγίστης Λαύρας στο Άγιο Όρος.
